1999年にドイツ3番目のチームとして誕生した。期待された初年度はハイズマントロフィー（カレッジ最優秀選手賞）を受賞したQBウェアの故障離脱で、3勝7敗と低迷した。2000年シーズンも4勝をあげたものの、順位は最下位。しかし、3年目を迎えた2001年シーズンには6勝4敗の成績でワールドボウルに出場、見事、ドラゴンズを下し、初優勝を飾った。翌年にも6勝4敗でワールドボウル出場を果たし、ファイアーを26対20で下して見事NFLEL史上初の連覇を達成した。2004シーズンからは2003シーズンまでチームを率いたHCヴァースに替わり、ランツがHCに就任した。

　2003シーズンからは1936年のベルリンオリンピック時に建造された、オリンピック・スタジアムを本拠地としてプレーしている。オリンピック・スタジアムは2006年のサッカーW杯の舞台ともなる。

　チーム名の「サンダー」は、ベルリンで最も売れている新聞紙「B.Z.」と地元ラジオ局「ラジオ・エナジー、103.4」の協力を得て行われた市民投票の結果、選出されたもの。2000年4月現在、ベルリンには8つのフットボールチームがあるが、とくにベルリン・アドラーはドイツフットボール史上初のナショナルチャンピオン3連覇に輝くなど、レベルも高い。